Η διδασκαλία της Ιστολογίας-Εμβρυολογίας άρχισε από της ιδρύσεως της Ιατρικής Σχολής όχι όμως αυτοτελώς αλλά στα πλαίσια άλλων μαθημάτων όπως η Ανατομική και η Παθολογική Ανατομική.

Η ανάγκη για δημιουργία αυτοτελούς Έδρας στην Ιστολογία-Εμβρυολογία είχε προκύψει πολύ νωρίς. Ήδη από το 1882 είχε επιζητηθεί ο διαχωρισμός της Ιστολογίας από την Ανατομική (καθηγητής Δαμιανός Γεωργίου) είχε μάλιστα προταθεί ως καθηγητής του μαθήματος ο Δημήτριος Χασιώτης αλλά το Υπουργείο Παιδείας δεν έκανε αποδεκτή την πρόταση αυτή. Ο Δ. Χασιώτης ο οποίος έγινε το 1880 Υφηγητής και το 1890 τακτικός καθηγητής της Παθολογικής Ανατομικής δίδασκε παράλληλα και την Ιστολογία.

Ακολούθησε από το 1895 έως το 1911 ο Νικόλαος Πεζόπουλος ο οποίος διαδέχτηκε το Δ. Χασιώτη. Στη διάρκεια της Καθηγεσίας του Ν. Πεζόπουλου, ο Κωνσταντίνος Μελισσηνός αρχικά ως επιμελητής του Παθολογικού Ανατομείου αναγορεύτηκε το 1901 σε Υφηγητή της Φυσιολογικής Ιστολογίας, γνωστικό αντικείμενο το οποίο δίδασκε παράλληλα με την Παθολογική Ανατομική στην οποία έγινε τακτικός καθηγητής το 1919.

Με την ανάληψη της έδρας της Ανατομικής από τον καθηγητή Γεώργιο Σκλαβούνο αλλά κυρίως με τη συγγραφή του περίφημου τρίτομου συγγράμματός του «Ανατομική του Ανθρώπου», στο οποίο συμπεριλαμβανόταν η ιστολογική περιγραφή των οργάνων καθώς και γνώσεις περί τη διάπλαση ιστών και οργάνων, η Ιστολογία-Εμβρυολογία διεκδικήθηκε και στη συνέχεια αποτέλεσε μέρος της Ανατομικής. Διδάσκων μέσα στα πλαίσια αυτά ήταν αρχικά ο Υφηγητής Γεώργιος Φωκάς Κοσμετάτος ο οποίος και έγινε το 1919 ο πρώτος έκτακτος καθηγητής της Ιστολογίας-Εμβρυολογίας, θέση την οποία κατείχε έως το 1931. Τον διαδέχτηκε το 1932 ο έκτακτος καθηγητής Θεμιστοκλής Σκλαβούνος.

Το 1936 η έκτακτη έδρα της Ιστολογίας-Εμβρυολογίας γίνεται τακτική με πρώτο τακτικό Καθηγητή-Διευθυντή το Θεμιστοκλή Σκλαβούνο έως το 1967.

Ακολουθεί ο καθηγητής Αλέξανδρος Κοντόπουλος από το 1968 έως το 1990. Κατά την περίοδο αυτή προστέθηκε ο δεύτερος όροφος στο κτήριο 4 των εγκαταστάσεων της Ιατρικής Σχολής στο Γουδή, με αντίστοιχη επέκταση του Εργαστηρίου Ιστολογίας-Εμβρυολογίας. Το εργαστήριο εξοπλίστηκε με σύγχρονα μηχανήματα για διάγνωση και έρευνα, στα οποία συμπεριλαμβανόταν και Ηλεκτρονικό Μικροσκόπιο. Παράλληλα ανακαινίστηκε η αίθουσα Εργαστηριακών ασκήσεων και εξοπλίστηκε με 80 νέα μικροσκόπια, όπου οι φοιτητές είχαν τη δυνατότητα να ασκηθούν στην μικροσκοπική παρατήρηση ιστολογικών παρασκευασμάτων.

Μετά τη συνταξιοδότησή του και για το χρονικό διάστημα 1991-1992, η Δ/νση του Εργαστηρίου ανατίθεται στην Επίκουρη Καθηγήτρια Ρωξάνη Αγγελοπούλου.

Το 1993 εκλέγεται ως Καθηγητής της Ιστολογίας-Εμβρυολογίας ο Χρήστος Κίττας ο οποίος ήταν Δ/ντης του Εργαστηρίου ως το 2013. Σε αυτά τα 20 χρόνια, οι μεγάλες επιστημονικές αλλαγές, όπως η τεράστια πρόοδος στον τομέα της Μοριακής Βιολογίας, με κορυφαία την χαρτογράφηση του ανθρώπινου γονιδιώματος και η ευκολώτερη διάχυσης της γνώσης και της πληροφορίας μέσω της εκτεταμένης χρήσης των ηλεκτρονικών υπολογιστών και του διαδικτύου, άλλαξαν τόσο τη θέση της Ιστολογίας και της Εμβρυολογίας στη σύγχρονη κλινική Ιατρική, όσο και τον τρόπο διδασκαλίας της. Έτσι από στατικό γνωστικό αντικείμενο περιγραφικής μορφολογίας η Ιστολογία και Εμβρυολογία μετεξελίχθηκαν σε λειτουργική Ιστολογία και Εμβρυολογία. Σταδιακά εγκαταστάθηκαν οι απαραίτητες υποδομές ώστε η εκπαίδευση των φοιτητών να εμπολουτίζεται με τη χρήση πολυμέσων στα πλαίσια σύγχρονης, αλλά και ασύγχρονης εκπαίδευσης. Αναπτύχθηκαν 7 υπο-μονάδες (Ανδρικής Υπογονιμότητας, Ηλεκτρονικής Μικροσκοπίας, Κυτταροκαλλιεργειών, Κυτταρομετρίας, Πειραματικής Εμβρυολογίας, Λειτουργικής Ιστολογίας και Μοριακής Καρκινογένεσης) για καλύτερη κάλυψη των εκπαιδευτικών και ερευνητικών στόχων του εργαστηρίου, ενώ αναβαθμίστηκε και το Ανθρωπολογικό Μουσείο, το οποίο μέχρι το ακαδημαϊκό έτος 2003-2004 ανήκε στο Εργαστήριο Ιστολογίας-Εμβρυολογίας και λειτουργούσε υπό ενιαία διεύθυνση. Ιδιαίτερη έμφαση δόθηκε στην έρευνα, με σημαντική συμβολή στη διασαφήνιση μηχανισμών καρκινογένεσης.

Μετά τη συνταξιοδότηση του Καθηγητή και Πρύτανη Χρήστου Κίττα το Σεπτέμβριο του 2013, τη Διεύθυνση του Εργαστηρίου Ιστολογίας-Εμβρυολογίας ανέλαβε ο Καθηγητής Βασίλης Γοργούλης.

Παρατίθεται κατάλογος των μελών ΔΕΠ που υπηρέτησαν στο Εργαστήριο Ιστολογίας-Εμβρυολογίας από τη δεκαετία του 1970 μέχρι σήμερα.